Para oferecer tratamento mais eficaz no combate das células tumorais, o Centro Oncológico Mogi das Cruzes fez uma atualização no Acelerador Linear, equipamento usado para radioterapia. Vale lembrar que é o único da região que oferece esse tipo de tratamento. Além do Acelerador Linear, o Setor de Radioterapia do Centro Oncológico Mogi das Cruzes conta com simulador e tomógrafo para radioterapia convencional,  tridimensional conformada,  esterotáxica fracionada e radioterapia de intensidade modulada com blocos (IMRT), além de radiocirurgia.